कैथेप्सिन बी की विशेषता साइट-निर्देशित उत्परिवर्तन द्वारा। आर्गिनिन के लिए S2-P2 विशिष्टता में Glu245 का महत्व और इसके संक्रमण अवस्था स्थिरीकरण में भूमिका।

कैथेप्सिन बी-प्रेरित हाइड्रोलिसिस की pH निर्भरता बहुत जटिल है। कम से कम सात विसर्जनीय समूह 7-अमाइड-4-मिथाइल कुमेरिन और p-नाइट्रोएनिलिन (pNA)-आधारित सब्सट्रेट्स में, जिनमें P1 में Arg और P2 स्थिति पर या तो Phe या Arg शामिल हैं, के बंधन और हाइड्रोलिसिस में शामिल हैं। साइट-निर्देशित उत्परिवर्तन द्वारा, हम दिखाते हैं कि एक पहले का सुझाव, जिसमें कहा गया था कि Arg202 उन समूहों में से एक है जो कैथेप्सिन बी-प्रेरित H-Z-Arg-Arg-pNA सब्सट्रेट के हाइड्रोलिसिस की pH निर्भरता को प्रभावित करता है, मान्य नहीं है। हालाँकि, यह पाया गया कि Glu245, जिसका pKa चूहे के कैथेप्सिन बी में 5.1 है, Arg-युक्त सब्सट्रेट के लिए S2-P2 विशिष्टता का कारण है और उनके हाइड्रोलिसिस की pH निर्भरता को नियंत्रित करता है। इसके अलावा, डेटा इंगित करता है कि Glu245, जो सब्सट्रेट के P2 Arg के गुआनिडियम समूह के साथ हाइड्रोजन बंधन बनाता है, संक्रमण अवस्था स्थिरीकरण में लगभग 1.8 kcal/mol का योगदान देता है प्रोटोनित अवस्था में और लगभग 0.6 kcal/mol अप्रोटोनित अवस्था में। Glu245 का Gln में उत्परिवर्तन kcat में 16 गुना की कमी करता है लेकिन Km पर प्रभाव नहीं डालता। जबकि कैथेप्सिन बी सब्सट्रेट के P2 स्थिति में Phe की तुलना में Arg के लिए 7 गुना अधिक प्राथमिकता रखता है, सुगंधित साइड चेन का संरेखण Glu245 द्वारा प्रभावित नहीं दिखाई देता है।