पौधों की घड़ी जीन सर्किट के मजबूत व्यवहार को परिभाषित करना, निरपेक्ष आरएनए टाइमसीरीज़ और खुली संरचना के साथ

सर्कैडियन घड़ी तंत्र में जटिल, ट्रांसक्रिप्शनल फीडबैक लूप्स की हमारी समझ विभिन्न स्रोतों से प्राप्त मात्रात्मक, टाइमसीरीज़ डेटा पर निर्भर करती है। हम अरबिदोप्सिस थालियाना प्लांट में घड़ी जीन आरएनए प्रोफाइल को मापते हैं, जो बाह्य सुक्रोज के साथ या बिना उगाए जाते हैं, या मिट्टी में उगाए गए पौधों और जंगली प्रकार और उत्परिवर्तित पृष्ठभूमि में। प्रयोगात्मक स्थितियों के बीच आरएनए प्रोफाइल आश्चर्यजनक रूप से मजबूत थे, इसलिए वर्तमान गणितीय मॉडल संभवतः पत्ते के ऊतकों में व्यापक रूप से लागू हो सकते हैं। संदर्भ डेटा प्रदान करने के अलावा, अप्रत्याशित व्यवहारों में PRR9 और ELF4 का सह-व्यक्तित्व और GI द्वारा PRR5 का विनियमन शामिल था। निरपेक्ष आरएनए मात्रात्मकता ने अन्य घड़ी जीनों की तुलना में PRR9 ट्रांसक्रिप्ट (शिखर लगभग 50 प्रतियाँ प्रति कोशिका) के निम्न स्तरों का खुलासा किया, और अपने निकट संबंधी CCA1 की तुलना में LHY आरएनए के तीन गुना उच्च स्तर (1500 से अधिक प्रतियाँ प्रति कोशिका) का खुलासा किया। डेटा को BioDare से वितरित किया गया है, जो केंद्रित टाइमसीरीज़ डेटा के लिए एक ऑनलाइन भंडार है, जो तंत्रात्मक मॉडलिंग के लिए लाभकारी होने की उम्मीद है। एक डेटा उपसमुच्चय ने जटिल मॉडल में घड़ी जीन अभिव्यक्ति को सफलतापूर्वक सीमित किया, सार्वजनिक रूप से उपलब्ध सॉफ़्टवेयर का उपयोग करते हुए समांतर कंप्यूटरों पर, बिना विशेषज्ञ ट्यूनिंग या प्रोग्रामिंग के। हम घड़ी जैसे अत्यधिक जुड़े हुए, गतिशील नेटवर्क को समझने में डेटा संग्रह के लिए अनुभवजन्य और गणितीय औचित्य का वर्णन करते हैं, और इस दृष्टिकोण को व्यापक रूप से सुलभ बनाने के लिए आवश्यक संसाधनों पर देखे गए डिज़ाइन प्रतिबंध।