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ट्रांसक्रिप्शन फैक्टर (TF) प्रोटीन जीन अभिव्यक्ति को जीनोम पर विशिष्ट स्थलों से बाइंड करके नियंत्रित करते हैं। सुविधाजनक वितरण मॉडल में, TF द्वारा 3D वितरण और DNA के साथ 1D वितरण के बीच वैकल्पिकता के माध्यम से एक अनुकूलित खोज प्रक्रिया प्राप्त की जाती है। 1D वितरण में बाइंड होते समय, प्रोटीन अविशिष्ट DNA के साथ तेज वितरण के लिए खोज मोड से विशिष्ट DNA के लिए स्थिर बाइंडिंग के लिए पहचान मोड में स्विच कर सकता है। हाल ही में नोट किया गया था कि, एक छोटे TF डोमेन प्रोटीन के लिए, बाइंडिंग पर अविशिष्ट और विशिष्ट DNA के बीच पुनः संतुलन स्थापित होता है। हमने यहां सभी-परमाणु आणविक गतिशीलता सिमुलेशनों का संचालन किया है ताकि प्रोटीन-DNA बाइंडिंग फ्री एनर्जेटिक्स का खुलासा किया जा सके, यह पुष्टि करते हुए कि खोज और पहचान मोड को मूल रूप से DNA पर प्रोटीन ओरिएंटेशन द्वारा अलग किया जाता है। विशिष्ट और अविशिष्ट DNA प्रणाली के बीच बाइंडिंग फ्री एनर्जी का अंतर 15-bp DNA निर्माण पर असमानांतर स्थिरांक से सीधे अनुमानित किए जाने वाले स्थान से थोड़ा भिन्न होता है, हम यह अनुमान लगाते हैं कि इस विषमता का कारण 6-bp केंद्रीय बाइंडिंग स्थलों के चारों ओर के DNA अनुक्रम हो सकते हैं जो वियोग की गतिशीलता माप पर प्रभाव डालते हैं। यह परिकल्पना एक सरल गोलाकार प्रोटीन-DNA मॉडल के साथ-साथ संभाव्य सिमुलेशन और गतिशील मॉडलिंग द्वारा समर्थित है।
मस्री एट अल। (सन,) ने इस प्रश्न का अध्ययन किया।
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