प्रोटीन-कोडिंग अनुक्रमों के वंशविज्ञानात्मक विश्लेषण के लिए उपयुक्त प्रतिस्थापन मॉडल का चयन

हालांकि प्रोटीन-कोडिंग अनुक्रमों का वंशविज्ञानात्मक अनुमान साहित्य में हावी है, कुछ विश्लेषण ऐसे विकासात्मक मॉडल शामिल करते हैं जो आनुवंशिक कोड पर विचार करते हैं। यह समस्या उन कोडॉन-आधारित मॉडलों के बाहर रहने से बढ़ जाती है जिन्हें सामान्य रूप से उपयोग किए जाने वाले मॉडल चयन तकनीकों से बाहर रखा गया है, संभवतः कोडॉन मॉडल से जुड़ी गणनात्मक लागत के कारण। हमने मानक न्यूक्लियोटाइड प्रतिस्थापन मॉडलों का एक प्रभावी विकल्प खोजा, जिसमें कोडॉन स्थिति (CP) को मॉडल में शामिल किया गया है। हमने 177 RNA वायरस जीन और 106 खमीर जीन के संरेखण के लिए सबसे उपयुक्त मॉडल का निर्धारण किया, जिसमें एक कोडॉन मॉडल और चार CP मॉडल सहित 11 प्रतिस्थापन मॉडल शामिल थे। अधिकांश विश्लेषित जीन संरेखण को CP प्रतिस्थापन मॉडलों द्वारा सबसे अच्छे रूप से वर्णित किया गया है, न कि मानक न्यूक्लियोटाइड मॉडलों द्वारा, और पूर्ण कोडॉन मॉडलों की गणनात्मक लागत के बिना। ये परिणाम कोडिंग अनुक्रमों के वंशविज्ञानात्मक अनुमान के लिए महत्वपूर्ण अर्थ रखते हैं क्योंकि वे स्पष्ट करते हैं कि CP को शामिल करने वाले प्रतिस्थापन मॉडल न केवल मानक मॉडलों के लिए एक गणनात्मक रूप से वास्तविक विकल्प हैं बल्कि अक्सर सांख्यिकीय रूप से श्रेष्ठ भी हो सकते हैं।