राइबोजाइम्स के लक्षित स्थलों के चयन में उपकरण के रूप में mRNA की द्वितीयक संरचना भविष्यवाणी और इन विट्रो सुलभता

हमने राइबोजाइम्स के लिए लक्षित साइट चयन के दो सामान्य रूप से उपयोग किए जाने वाले तरीकों के सापेक्ष गुणों की जांच की: द्वितीयक संरचना भविष्यवाणी (MFold कार्यक्रम) और इन विट्रो सुलभता परीक्षण। कुल आठ मीथिलेटेड राइबोजाइम्स को डीएनए भुजाओं के साथ संश्लेषित किया गया और हे ला कोशिकाओं में एक अस्थायी सह-ट्रांसफेक्शन परीक्षण में विश्लेषित किया गया। एंटी-PSKH1 राइबोजाइम्स के साथ प्राप्त अवशिष्ट अभिव्यक्ति स्तर 23% से 72% के बीच था जब इसे अप्रासंगिक नियंत्रण राइबोजाइम के साथ ट्रांसफेक्टेड कोशिकाओं की तुलना में देखा गया। राइबोजाइम प्रभावशीलता राइबोजाइम सांद्रता और लक्षित mRNA के स्थिरता अवस्था अभिव्यक्ति स्तर दोनों पर निर्भर करती थी। लक्षित स्थलों के एक उपसमुच्चय के खिलाफ एलीलेटीड राइबोजाइम्स सामान्यतः अपने मीथिलेटेड समकक्षों की तुलना में poorer प्रभावशीलता प्रदर्शित करते थे। यह प्रभाव लक्षित स्थल की इन विवो सुलभता द्वारा प्रभावित दिखाई देता था। चयन विधि के आधार पर डिज़ाइन किए गए राइबोजाइम्स ने प्रभावशीलता का एक विस्तृत वर्ग प्रदर्शन किया जिसमें दोनों समूहों के राइबोजाइम्स की औसत गतिविधियों में कोई महत्वपूर्ण भिन्नता नहीं थी। जबकि इन विट्रो सुलभता परीक्षणों की पूर्वानुमान शक्ति सीमित थी, लक्षित अनुक्रम की भविष्यवाणी की गई द्वितीयक संरचना की कुछ विशेषताओं और संबंधित राइबोजाइम की प्रभावशीलता के बीच एक महत्वपूर्ण सांद्रता थी। विशेष रूप से, राइबोजाइम की प्रभावशीलता अपने लक्षित अनुक्रम में छोटे तने क्षेत्रों और कम स्थिरता वाली हेलिक्स की उपस्थिति के साथ सकारात्मक रूप से संबंधित दिखाई दी। भविष्यवाणी की गई मुक्त ऊर्जा या लूप की लंबाई के साथ कोई संबंधितता नहीं थी.