分子動力学シミュレーションを用いた配列定義ポリマーにおける三次構造の探求

ペプトイドは、ペプチド様のバックボーンと、バックボーンの窒素上に位置する側鎖を持つ配列定義バイオミメティックポリマーの一種です。これらの材料は、利用可能な側鎖の多様性により、単一鎖構造の精密制御、多ユニットの自己集合、マクロ分子集合の強力な能力を示しますが、これらの集合体の背後にある駆動力はしばしば理解されていません。これまでの実験的研究では、リンクされた15merペプトイドが、ボリュームのある側鎖と疎水性のキラリティ誘導特性を利用して、タンパク質のヘリカルヘアピン構造を模倣できることが示されていますが、配列、安定性、および特定の二次または三次構造との関係についてはまだ理解にギャップがあります。本研究では、これらのポリマーのヘアピンへの折りたたみ挙動に関する分子動力学（MD）研究を提示し、水とアセトニトリル内のさまざまな特性を持つ配列間の構造の違いについて議論し、溶媒間の一般的なヘリカルモチーフの向きの好みを比較します。