Pertpy：摂動分析のためのエンドツーエンドフレームワーク

単一細胞技術の進展により、遺伝的、化学的、環境的、または病気の摂動のもとで、さまざまな細胞株や組織における細胞解像度の分子状態を測定することが可能になりました。現在の手法は、差分比較に焦点を当てるか、特定のタスクに特化しており、純粋に統計的な観点から多条件設定で実施されています。このような研究の数、規模、および複雑さの急速な増加は、既存の生物学的コンテキストを考慮に入れたスケーラブルな分析フレームワークを必要とします。ここでは、pertpyを紹介します。これは、大規模な摂動単一細胞実験の分析のためのPythonベースのモジュラー枠組みです。Pertpyは、調和された摂動データセットおよびメタデータデータベースへのアクセスを提供し、既存および新規の手法の数々を迅速かつユーザーフレンドリーに実装します。これには、効率的に摂動データを分析するための自動メタデータ注釈や摂動距離などが含まれます。scverseエコシステムの一部として、pertpyは単一細胞データの分析のための既存ライブラリと相互運用し、容易に拡張可能な設計がなされています。