K48およびK63結合ユビキチン鎖インタラクトームは、分岐および長さ特異的なユビキチン相互作用因子を明らかにする

ユビキチン（Ub）コードは、異なる長さ、結合タイプ、および結合の組み合わせを持つユビキチン鎖を含む複雑なUb構造を示し、ユビキチン化が広範なタンパク質運命を制御することを可能にします。多くの結合特異的相互作用因子が記述されていますが、相互作用因子がどのようにしてより複雑な構造を解読できるかは完全には理解されていません。私たちは、異なる長さのUb鎖を使用してヒトと酵母においてUb相互作用因子スクリーニングを実施しました。また、最も豊富な2種類の結合タイプ-リジン48結合（K48）およびリジン63結合（K63）Ubの同種および異種の分岐鎖を使用しました。ヒストンADP-リボシルトランスフェラーゼPARP10/ARTD10、E3リガーゼUBR4、およびハンチンチン相互作用タンパク質HIP1を含む、最初のK48/K63結合分岐特異的Ub相互作用因子のいくつかを特定しました。さらに、Ub3鎖を好む相互作用因子を特定することにより、鎖の長さの重要性を明らかにしました。これには、Ub指向性エンドプロテアーゼDDI2、オートファジー受容体CCDC50、およびp97アダプターFAF1が含まれます。重要なことに、二つの一般的な除ユビキチン化酵素阻害剤-クロロアセトアミドおよびN-エチルマレイミドを用いて収集されたデータセットを比較しました。これにより、阻害剤依存性の相互作用因子が明らかになり、プルダウン研究中の阻害剤考慮の重要性が強調されました。このデータセットは、Ubコードがどのように読み取られるかを理解するための重要なリソースです。