PtWAVE：ゲノム編集における大規模インデルの検出のためのシーケンストレースの高感度デコンボリューションソフトウェア

要約 背景 挿入と欠失（TIDE）分析は、バルクまたはクローン細胞集団のDNAから得られたキャピラリーシーケンシングデータを計算的にデコンボルブし、プログラム可能なヌクレアーゼによる標的突然変異の効率を推定する上で重要な役割を果たしてきました。しかし、従来のTIDE分析でカバーされる検出範囲は限られています。TIDE分析において、ゲノム編集から得られるより大きな欠失や挿入（インデル）を検出するためには、デコンボリューションの範囲を拡張する必要があります。しかし、デコンボリューション範囲を拡大すると、デコンボリューションプロセスに不確実性が生じます。さらに、大きな欠失（>50 bp）に対するTIDE分析ツールの精度と感度は十分に理解されていません。結果 本研究では、最大200 bpの幅広いインデルサイズを検出できる新しいソフトウェアPtWAVEを紹介しました。PtWAVEは、不確実性を防ぐための変数選択およびフィッティングアルゴリズムのオプションも提供します。大きな欠失を含むDNAシーケンシングを模倣したin vitroキャピラリーシーケンシングデータを使用してPtWAVEの性能を評価しました。さらに、PtWAVEは実際のゲノム編集サンプルから得られたトレースシーケンシングデータを安定して分析できることを確認しました。結論 PtWAVEは、従来のTIDE分析ツールと比較してDNAサンプルにおける優れた精度と感度を示しました。PtWAVEは、プログラム可能なヌクレアーゼが適用される際に大きな欠失が頻繁に発生する生物や細胞型におけるゲノム編集アプリケーションを加速することができます。