アフリカの集団における新しい口唇関連遺伝子を示唆する希少変異分析

要約 非症候性口腔顔面裂（NSOFC）は、複雑な病因を持つ一般的な出生欠陥です。60以上の一般的なリスクローカスが特定されていますが、これらはNSOFCの遺伝可能性のごく一部しか説明していません。希少変異が欠落した遺伝可能性に関与していることが示されています。したがって、私たちの研究は、NSOFCに関連する非同義の希少コーディング変異で豊富な遺伝子を特定することを目的としました。我々のサンプルには、814例の非症候性口唇裂（有または無の口蓋）、205例の非症候性口蓋裂のみ、及びナイジェリア、ガーナ、エチオピアからの2150例の無関係な対照児が含まれました。我々は、3つの希少変異集約モデルを使用して、各表現型について個別に遺伝子ベースの分析を行いました：(1) タンパク質変化型（PA）、(2) ミスセンス変異のみ（MO）；および(3) 機能喪失変異のみ（LOFO）。その後、関連するトランスクリプトミクスデータを利用して関連遺伝子の発現を評価し、gnomeADデータベースを使用してそれらの変異制約を検討しました。合計で13の遺伝子が示唆的な関連性を示しました（p = E-04）。その中で8つの遺伝子（ABCB1、ALKBH8、CENPF、CSAD、EXPH5、PDZD8、SLC16A9、TTC28）は、顔の形成中に関連するマウスおよびヒトの頭蓋顔面組織で一貫して発現しており、3つの遺伝子（ABCB1、TTC28、PDZD8）は統計的に有意な変異制約を示しました。これらの発見は、希少変異がNSOFCの候補遺伝子を特定する上での役割を強調しています。主要な文書（方法セクションを除く）単語数：2145