JASPAR 2022: 転写因子結合プロファイルのオープンアクセスデータベースの第9回リリース

要約 JASPAR (http://jaspar.genereg.net/) は、6つの分類群にわたる転写因子（TF）の手動でキュレーションされた非冗長な結合プロファイルを含むオープンアクセスデータベースです。この第9回リリースでは、COREコレクションに341の新しいプロファイル（植物用148、脊椎動物用101、ウロコーダート用85、昆虫用7）を追加し、前回のリリースに対して19％の拡張に相当します。文献において直交証拠が見つからなかった場合、検証されていないコレクションに298の新しいプロファイルを追加しました。すべてのプロファイルは、各分類群の家族的結合プロファイルを提供するためにクラスタリングされました。さらに、植物特有のTFを考慮したDNA結合ドメインの構造分類を改訂しました。このリリースでは、各TFに関連する科学的知識を表現するためにワードクラウドを導入しました。8つの生物種でJASPARプロファイルを用いて予測されたTFBSのゲノムトラックを更新しました。ヒトとマウスのTFBS予測は、UCSC Genome Browserのネイティブトラックとして視覚化できます。最後に、ユーザー提供のゲノム領域でJASPAR TFBS濃縮分析を実行するための新しいツールを提供します。すべてのデータは、JASPARウェブサイト、その関連RESTful API、R/Bioconductorデータパッケージ、およびデータへのサーバーレスアクセスを促進する新しいPythonパッケージpyJASPARを通じてアクセス可能です。