概要* 背景 Workflow Description Language（WDL）は、バイオインフォマティクスのワークフローで広く使用されているオープンスタンダードです。その宣言的な性質により、WDLワークフローはグラフとして容易に表示および編集できます。Nextflowはバイオインフォマティクスワークフローのためのドメイン固有言語であり、便利なワークフロー実行エンジンでもあります。我々の目的は、ユーザーがWDLワークフローをグラフとして視覚的に編集でき、そのテキスト表現とグラフィカル表現間で同期を提供するツールを開発することでした。方法 WDLワークフローをNextflowに変換することで、同一の実行エンジンで両言語を使用できます。BioUMLプラットフォームは、最も一般的なワークフロー概念のオブジェクト指向表現のためのクラスライブラリと、ワークフローの可視化およびグラフィカル編集プラグインを提供します。結果 我々は、一部制限はあるものの、WDLワークフローの内容をオブジェクト指向表現（モデル）にマッピングするWDLパーサを開発しました。このモデルはグラフとして視覚化および編集可能です。WDLおよびNextflowのジェネレータは、同じモデルからWDLとNextflowのテキストを生成します。結論 開発したツールはスタンドアロンのJavaプログラム、ウェブサーバー、ウェブサービスおよびBioUMLプラットフォーム向けプラグインとして利用可能です。
Kiselevら（木曜）はこの問題を研究しました。