ミトコンドリアDNAの全ゲノムシーケンシングと家畜トナカイおよび野生トナカイの配列の比較解析に基づき、最高のヌクレオチド多様性レベルは野生集団で検出されました。合計で1551の多型部位が特定され、そのうち405が情報量のある部位でした。最も保存された領域には12Sおよび16S rRNA遺伝子（Amur oblast出身の野生トナカイを除きπ 0.003）が含まれ、これらは寒冷環境への適応と関連しています。家畜化されたトナカイと野生トナカイ集団間の遺伝的多様性の違いは、人口動態の過程とミトコンドリアゲノムの特定の領域に作用する可能性のある選択圧の両方を反映しています。人口動態の再構築は、トナカイ品種間で異なる有効個体群サイズの動態を明らかにしました。ネネツ品種は約3000年前に著しい個体数の増加を示しましたが、チュコトカおよびエヴェンク品種では同等の増加は観察されませんでした。Fu and LiのD検定は、家畜化されたサンプルと野生サンプル間で対照的なパターンを示しました。家畜化トナカイは人工選択および飼育群サイズの制限と一致する局所的な偏差の信号を示したのに対し、野生集団は人口動態過程および自然選択を示すより広範かつ顕著なパターンを示しました。現代のトナカイミトゲノムは古代のハプログループを保持しており、特にND5、Cytb、ATP6の複数の領域が選択を受けた可能性があります。ネネツ、エヴェンク、チュコトカ品種は地理的に離れている範囲にあるにもかかわらず、期待に反して明確な系統群を形成しておらず、代わりに類似または密接に関連したハプロタイプを共有する広範な混合枝を構成しています。
Seminaら（Sun,）がこの問題を研究しました。