ARAGORN：ヌクレオチド配列におけるtRNA遺伝子とtmRNA遺伝子を検出するプログラム

コンピュータプログラムARAGORNは、tRNAおよびtmRNA遺伝子を特定します。このプログラムは、既知のtRNAコンセンサス配列との類似性に基づいてtRNA二次構造を予測するためにヒューリスティックアルゴリズムを使用し、塩基対を形成するクローバーリーフの能力を考慮します。tmRNA遺伝子は、BRUCEプログラムの修正版を使用して特定されます。ARAGORNは、1290の真正細菌、真核生物、古細菌tRNA遺伝子のセットから99%の検出感度を達成し、tmRNAデータベース内のすべての完全なtmRNA配列を検出し、BRUCEプログラムの性能を向上させています。最近発見された緑藻系統に属する2種のクロロプラスト内のtmRNA遺伝子が検出されました。プログラムの出力は、提案されたtRNA二次構造と、tmRNA遺伝子に対してはtRNAドメインの二次構造、tmRNA遺伝子配列、タグペプチド、および一致するtmRNAペプチドタグを持つ生物のリストを報告します。