単一細胞におけるクロマチンアクセシビリティ、DNAメチル化、ヌクレオソーム位相の同時測定

個々の細胞間に見られる転写の変動の背後にある調節メカニズムへの洞察を得るためには、単一細胞のクロマチンの組織を測定する方法の開発が必要です。ここでは、ヌクレオソーム占有とメチロームシーケンシング（NOMe-seq）を適応し、単一細胞におけるクロマチンアクセシビリティと内因性DNAメチル化を測定する方法（scNOMe-seq）を示しました。scNOMe-seqは、DNase過敏部位（DHS）における特有のアクセシビリティとDNAメチル化パターンを回収しました。scNOMe-seqの利点は、シーケンシングリードがアクセシビリティ測定から独立してサンプリングされることです。したがって、scNOMe-seqは断片損失を制御し、個々の細胞内でのアクセス可能なDHSの割合を直接推定することを可能にしました。さらに、scNOMe-seqは、個別の位点内でのクロマチンアクセシビリティの高解像度を提供し、CTCF結合イベントの足跡を検出し、単一細胞内の平均ヌクレオソーム位相距離を推定するために活用されました。したがって、scNOMe-seqは、異質な細胞混合物の中での単一細胞のクロマチンの組織を特性づけるために適しています.