科学文献におけるソフトウェア：生物学文献で言及されたソフトウェアの可視性、発見、利用に関する問題

ソフトウェアは学術研究においてますます重要になっていますが、科学記録におけるソフトウェアの可視性と有用性は疑問視されています。データと同様に、出版物におけるソフトウェアの可視性は、再利用可能な形でソフトウェアを共有するインセンティブに関連しており、効率的な科学を促進しています。本記事では、90件の生物学記事のランダムサンプルの内容分析を通じて、出版物におけるソフトウェアを検討します。ソフトウェアの“言及”を特定し、それらの特性や引用の機能を実現する能力に基づいて分類するためのコーディングスキームを開発します。全体として、多様で問題のある実践が見つかります：言及のうち、形式的な引用を含むのは31%から43%の間に過ぎません；非公式な言及は非常に一般的であり、高影響因子のジャーナルや異なる種類のソフトウェアにおいても見られます。ソフトウェアはしばしばアクセスできず（あらゆる形式のパッケージの15%-29%；特定のバージョンの90%-98%；ソースコードを提供するのはわずか24%-40%の間です）。出版物への引用は特にバージョン情報を提供するのが不十分であり、一方、非公式の言及はクレジット情報を提供するのが特に不十分です。ソフトウェア引用の実践を改善するための提言を行い、最近の新たな取り組みを強調します。ソフトウェアは科学的実践においてますます重要な役割を果たしており、学術コミュニケーションの中で明確で有用な位置を占めるべきです。