新しいENDscriptサーバーを使ったタンパク質構造の主要特徴の解読

ENDscript 2は、一次から四次のタンパク質構造情報を自動的に抽出し、包括的に分析するための使いやすいWebサーバーです。この大幅なアップグレードは、インタラクティブ3Dビジュアライゼーションを用いて、速度、精度、使いやすさを向上させるために完全に再設計されました。広く知られている配列アラインメントレンダラーESPriptの新バージョン3を活用し、計算時間を短縮しながら大量のデータを扱うように改善されました。単一のPDBエントリまたはファイルから、ENDscriptは、クエリに対してホモログであるタンパク質の多重配列アラインメントを示す高品質の図を生成し、残基の保存状態に応じて色分けします。さらに、実験的な二次構造要素や関連する生物物理学的および構造データの詳細なセットも描かれます。これらの情報はすべて、インタラクティブな3D PyMOL表現にマッピングされています。適応的で厳密なアルゴリズムのおかげで、初心者から専門家までのユーザーが設定を変更して、ニーズに応じてENDscriptを微調整できます。また、ENDscriptは外部バイオツールWebサーバーからの複数の生化学的および構造データを視覚化するためのオープンプラットフォームとしてもアップグレードされ、2Dおよび3Dの表現が可能です。ENDscript 2とESPript 3は、それぞれhttp://endscript.ibcp.frおよびhttp://espript.ibcp.frで無料で利用できます。