GPS-YNO2: タンパク質におけるチロシンニトリル化部位の計算予測

過去10年間で、タンパク質チロシンニトリル化 (PTN) の同定に迅速な進展が見られました。PTNは、免疫応答、細胞死、老化、神経変性などの生理学的および病理学的プロセスにおいてさまざまな重要な役割を果たす必須で普遍的な翻訳後修飾 (PTM) です。部位特異的なニトリル化基質の同定は、PTNの分子メカニズムと生物学的機能を理解するための基本です。労力を要し、時間のかかる実験的アプローチとは対照的に、ここではPTN部位を予測する新しいソフトウェアパッケージGPS-YNO2の開発を報告します。このソフトウェアは、leave-one-outバリデーションにおいて76.51%の有望な精度、50.09%の感度、80.18%の特異度を示しました。例として、実験的に小規模または大規模な研究で検出された数百のニトリル化基質に対する潜在的なPTN部位を予測しましたが、実際のニトリル化部位はまだ決定されていません。S-ニトロシル化の一酸化窒素 (NO) 依存的可逆修飾との統計的機能比較を通じて、PTNは特定の基本的な生物学的プロセスや機能に攻撃する傾向があることを観察しました。これらの予測および解析結果は、さらなる実験的調査に役立つ可能性があります。最後に、GPS-YNO2 1.0のオンラインサービスおよびローカルパッケージがJAVAで実装され、無料で利用可能です: .