APBSバイオ分子溶媒ソフトウェアスイートの改善

適応ポアソン・ボルツマンソルバー（APBS）ソフトウェアは、大規模なバイオ分子アセンブリのための連続体電気静電気の方程式を解くために開発され、化学、生物学、および生物医学の幅広い応用の研究において影響を与えています。APBSは、生物医学応用における溶媒化および電気静電気を理解するための3つの主要な技術的課題に対処します：バイオ分子の溶媒化と電気静電気に対する正確かつ効率的なモデル、これらの理論をバイオ分子システムに適用するための堅牢でスケーラブルなソフトウェア、および科学コミュニティ内でバイオ分子電気静電気データを共有し分析するためのメカニズムです。新しい研究アプリケーションと計算能力の向上に対応するために、2001年のリリース以来、APBSとその一連の付随ソフトウェアは継続的に更新されています。本記事では、APBSソフトウェアパッケージに最近実装されたモデルと機能について説明します。これには、ポアソン・ボルツマンの解析および半解析ソルバー、最適化された境界要素ソルバー、幾何学に基づく幾何フロー溶媒モデル、pKa値を決定するためのグラフ理論に基づくアルゴリズム、電気静電気を視覚化するための改善されたWebベースのビジュアライゼーションツールが含まれます。