メタゲノムからの微生物分離株およびゲノムの精密系統解析：PhyloPhlAn 3.0を使用して

微生物のゲノムは、栽培および配列決定が安価になり、メタゲノムアセンブルゲノム（MAGs）の取得が効果的になるにつれて、ますます増加しています。このため、数十万のゲノムを文脈化する系統的位置決定法は、密接に関連した系統から発散した門まで効率的にスケーラブルで敏感でなければなりません。私たちは、PhyloPhlAn 3.0を発表します。これは、大規模な微生物ゲノムの特徴付けと、複数の解像度レベルでの系統解析のための正確で迅速で使いやすい方法です。PhyloPhlAn 3.0は、分離株のシーケンシングやMAGsから得られたゲノムを、230,000以上の公に利用可能な配列から構築された種レベルのゲノムビンに割り当てることができます。関心のある個々のクレードに対しては、クレード特異的な最大情報量のマーカーを使用して、最も近い種の中から系統樹を再構築します。解像度の他の極端な場合、大規模な系統樹もスケールアップし、17,000以上の微生物種を含みます。メチシリン耐性黄色ブドウ球菌分離株、腸のメタゲノム、メタ解析を含む例は、PhyloPhlAn 3.0がゲノムおよびメタゲノム解析をサポートする能力を示しています。