環境由来の16S rRNA配列から設計されたオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブを使用した硫酸還元細菌の濃縮と分離のモニタリング

蛍光標識された特定集団用オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブを使用して、多種の嫌気性バイオリアクターから硫酸還元細菌の濃縮と分離をモニタリングした。この微生物は、16S rRNA配列の一部を増幅およびシーケンシングすることによって、デスルフォビブリオ・バルガリスに系統的に関連する分子分離株として特定された。この配列を用いて、特定集団用プローブが設計された。生物の濃縮と分離に使用された嫌気性培地は、配列解析によって特定された最も近い親縁種の生理学的特性に基づいていた。調査した30の分離株のうち、プローブとハイブリダイズしたのはわずか3株であった。これらの3つの分離株のほぼ完全な16S rRNA配列は、(i) プローブターゲットサイトとの不一致がなく、(ii) 約500ヌクレオチドの増幅された部分配列と、それ以外のすべての位置で互いに同一であり、(iii) D. vulgarisの配列に93.9%類似していた。さらに、追加研究のために選ばれた1株（株PT-2）は、D. vulgarisと同等の基質特異性を示した。これらの結果は、環境サンプルからの16S rRNA配列のポリメラーゼ連鎖反応（PCR）増幅が正確であり、集団の生理学的側面を推定できる系統情報を提供できることを確認した。