リガンド‐レセプター ドッキングのための AutoDock の使用

このユニットでは、AutoDock とグラフィカルユーザーインターフェースである AutoDockTools (ADT) を使用したリガンド-タンパク質ドッキング計算の設定と分析方法について説明します。AutoDock スコアリング関数は、分子をユナイテッドアトムモデルを使用して扱うAMBER 力場のサブセットです。このユニットは、タンパク質データバンクから取得したHIV-1 プロテアーゼに結合したインディナビルのX線結晶構造を使用し、AutoDock に必要なグリッドマップを計算するAutoGrid のためにリガンドとレセプターを準備する方法を示します。インディナビルは、極性水素を追加し、部分電荷を定義し、ドッキング中に探査される回転可能な結合を定義することで、AutoDock のために準備されます。AutoGrid および AutoDock 用の入力ファイルが作成され、その後、グリッドマップ計算が実行され、次に AutoDock でのドッキング計算が続きます。最後に、このユニットでは、AutoDockTools を使用して結果を分析する方法のいくつかを説明します。