DNAバーコーディングは実際に従来の形態学的方法よりも安価で迅速ですか？アメリカ合衆国における淡水生物評価の取り組みの調査結果からの考察

分類学的同定は、アメリカ合衆国の生物評価プログラムに関連するコストのかなりの部分を占めています。DNAバーコーディングのような新しい分析手法は、モニタリングコストを削減し、効率を改善する方法として推奨されていますが、この仮定は徹底的に評価されていません。この質問に対処するために、従来の形態に基づく生物評価、標準的なサンガーシーケンシングに基づくDNAバーコーディングアプローチ、および新しい次世代（NGS）分子技術のコストを比較します。市場における分子手法の需要は、湖、河川、湿地などの複数の生息地タイプと底生無脊椎動物、魚、藻類などの指標にわたるアメリカ合衆国の淡水生物評価の努力のレベルを調査することによって評価されます。公共機関が管理し、機関のウェブサイトを通じて報告されたすべての州および地域レベルのプログラムが調査に含まれました。コストは、こうした情報を提供する意欲のあるラボやプログラムの調査に基づいています。アメリカ合衆国全体で毎年19,500のサイト以上がサンプリングされており、努力の大部分は河川で行われています。底生無脊椎動物は最も一般的に使用される指標ですが、藻類と魚はそれぞれ全体のサンプリング努力の35％と21％を占めています。アメリカ合衆国における日常の淡水生物評価に年間1億4百万ドルから1億9千万ドルが支出されていると推定しています。生物評価コストの約30％は、従来の形態に基づく分類学のためのコストを含んでいます。サンガーシーケンシングを使用した現在のバーコーディングコストは、フィールドサンプリングコスト（両方のアプローチで共通）を除外すると、従来の分類学的アプローチの1.7倍から3.4倍高いです。ただし、指標によってはNGS手法のコストは従来の方法と比較可能（またはわずかに低コスト）です。現在の慣行に対するバーコーディングの安価な代替案としての期待はまだ実現していませんが、分子手法はサンプル処理の迅速化や分類学的解像度の向上など、他の利点を提供するかもしれません。