植物DNAバーコーディングのための葉緑体trnL（UAA）イントロンの力と限界

DNAバーコーディングは、標準化されたDNA領域をタグとして使用することによって、迅速で正確かつ自動化可能な種の同定を提供するべきです。GenBankに存在する配列と今回の研究のために生成された配列に基づいて、全体の葉緑体trnL（UAA）イントロン（254-767 bp）と、非常に保存されたプライマーで増幅されたこのイントロンの短い断片（P6ループ、10-143 bp）の解像力を評価しました。DNAバーコーディングにおける全体のtrnLイントロンの主な制限は、その相対的に低い解像度（GenBankから得られた種の67.3%が明確に識別された）です。P6ループの解像度はさらに低い（19.5%が識別された）が、既存の代替システムよりは高いままです。解像度は、単一の生態系に由来する種や一般的に食べられる植物といった特定の文脈においては、はるかに高くなります。相対的に低い解像度にもかかわらず、全体のtrnLイントロンとそのP6ループには多くの利点があります：プライマーは非常に保存されており、増幅システムは非常に頑丈です。P6ループは、加工食品や永久凍土サンプルからの高度に劣化したDNAを使用した場合でも増幅可能であり、食品産業、法医学、糞便に基づく食事分析、古代DNA研究において広く使用される可能性があります。