ゲノム全体の分析がアラビドプシスにおけるロングインタージェニックノンコーディングRNAの調節を明らかにする

酵母や動物のゲノムのインタージェニック領域から転写されるロングインタージェニックノンコーディングRNA（lincRNA）は、重要な生物学的過程において重要な役割を果たしています。しかし、植物のlincRNAは十分に特性評価されておらず、lincRNAの生合成がどのように調節されるかは不明です。再現性に基づくバイオインフォマティクス戦略を用いて200のアラビドプシス・タリアナのトランスクリプトームデータセットを分析したところ、13,230のインタージェニック転写物を特定し、そのうち6480はlincRNAとして分類できます。2708のlincRNAの発現がRNAシーケンシング実験によって検出されました。カスタムマイクロアレイによるトランスクリプトームプロファイリングにより、これらのlincRNAの大部分はmRNAとmiRNA前駆体の間のレベルで発現しています。lincRNA遺伝子の一部は器官特異的発現を示しますが、他は生物的および/または非生物的ストレスに応答します。11の突然変異体におけるトランスクリプトームデータのさらなる分析により、SERRATE、CAP BINDING PROTEIN20（CBP20）、およびCBP80がlincRNAの発現と生合成の調節因子として明らかになりました。RT-PCR実験により、これらの3つのタンパク質も小さなイントロンを含むlincRNAのスプライシングに必要であることが確認されました。