擬似アミノ酸組成を用いたタンパク質の細胞属性の予測

タンパク質の細胞属性、つまりそれが細胞のどの区画に属し、いかに小器官の脂質二重層と関連しているかは、タンパク質の生物学的機能と密接に関連しています。ヒトゲノムプロジェクトの成功とデータバンクに登録されるタンパク質配列の急速な増加は、以下の挑戦的な領域を刺激しました：アミノ酸配列に基づいてタンパク質の細胞属性を迅速かつ正確に予測する方法をどのように開発するか？既存の属性予測アルゴリズムはすべてアミノ酸組成に基づいており、配列の順序効果は考慮されていませんでした。予測の質を向上させるためには、そのような効果を取り入れることが必要です。しかし、タンパク質配列の可能なパターンの数は非常に多く、この目標の実現に対する著しい難しさを生じています。このような難しさに対処するために、擬似アミノ酸組成が導入されます。それは一連の離散的な配列相関因子と20種類の従来のアミノ酸組成の組み合わせです。擬似アミノ酸組成を使用することで、予測の質が著しく向上することが観察されています。これにより得られた予測の成功率は、同じ分類スキームと同じデータセットに対して、これまでのところ最高です。擬似アミノ酸組成の概念とその数学的枠組み、及び生化学的意義が他のタンパク質の特性の予測品質を改善する上で顕著な影響を与える可能性があることは、私たちの注意を引く点です。