ポリアクリルアミドゲル電気泳動によるlacリプレッサー-オペレーター相互作用の平衡と動力学

我々は、平衡結合、部位分布、およびタンパク質-DNA相互作用の動力学の研究におけるゲル電気泳動の使用について説明します。この方法は、タンパク質分布分析と呼ばれ、シンプルで高感度であり、熱力学的に厳密な結果を得ることができます。特に、単一の核酸に対する複数のタンパク質の同時結合の研究に適しています。lacリプレッサー-オペレーター相互作用の研究では、いわゆる第三のオペレーター部位（03）への結合がオペレーター結合よりも15-18倍弱いことが分かり、第一および第三のオペレーターとの結合反応は連動していないことが示唆され、部位間に通信がないことを示しています。リプレッサー-203 bpオペレーター複合体の擬似一次反応の解離動力学は温度に敏感であり、29度C以上でデルタEが80 kcal mol-1、29度C未満で26 kcal mol-1であることがわかりました。この複合体の半減期（21度Cでの5分）は、非常に高分子量オペレーター含有DNAについて報告されている値よりも短いですが、はるかに短い断片に対して報告された値よりは長いです。この技術では、DNAへのlacリプレッサーコアの結合を検出することはできませんでした。この発見と整合的な最大結合定数は10(5) M-1です。