FANTOM5 CAGEプロファイルのヒトおよびマウスサンプル

FANTOM5プロジェクトでは、ヒトおよびマウスゲノム全体での転写開始イベントが1塩基対の解像度でマッピングされ、その頻度がCAGE（キャップ遺伝子発現解析）と単一分子シーケンシングを組み合わせてモニタリングされました。約3000のサンプルが、多様な一次細胞、組織、細胞株、および細胞の活性化と発達中の時系列サンプルで構成され、CAGEデータ生成のための統一パイプラインに従いました。分析パイプラインは、RNA抽出物の質を評価することから始まり、ロボットまたは手動のワークフロー、単一分子シーケンシング、計算処理を用いてCAGEライブラリを生成し、転写開始の頻度を算出しました。得られたデータは、分析された哺乳類細胞の各状態における転写調節の結果を表しています。CAGEプロファイル上に重ならないピークが特定され、ヒトおよびマウスゲノムに対してそれぞれ約200,000および150,000のピークが同定され、既知のプロモーターおよび新規プロモーターの正確な位置を提供し、それらの活動を定量化しました。