2009年豚由来H1N1インフルエンザA疫病の起源と進化ゲノム学

2009年3月と4月初旬、メキシコとアメリカ合衆国で新しい豚由来インフルエンザA（H1N1）ウイルス（S-OIV）が出現しました。監視の最初の数週間の間に、このウイルスは人から人への感染により、30カ国（5月11日現在）に世界的に広がり、世界保健機関はパンデミック警戒レベルを6段階中5に引き上げました。このウイルスは21世紀最初のインフルエンザパンデミックに発展する可能性を秘めています。本研究では、進化的解析を用いてS-OIV疫病の起源と初期発展のタイムスケールを推定します。私たちは、数種の豚で循環しているウイルスに由来し、初期の人への感染は発生の認識の数ヶ月前に起こったことを示します。遺伝監視における隙間の系統樹的推定は、S-OIVの発生前に長期間の未サンプリングの系譜があったことを示唆しており、豚系統の再集合が人間に出現する数年前に起こった可能性があることを示唆しています。また、S-OIVの複数の遺伝的系統が人工的な起源を示すものではないことを示しています。さらに、疫病の未サンプリングな歴史は、遺伝的に最も近い豚ウイルスの性質と場所が疫病の即時の起源についてほとんど明らかにしないことを意味しますが、私たちは密接に関連する未発表の豚インフルエンザ分離株のパネルを含めました。我々の結果は、豚におけるインフルエンザの体系的な監視の必要性を強調し、豚における新しい遺伝的要素の混合が人間のパンデミック潜在能力を持つウイルスの出現をもたらす可能性があることを示す証拠を提供します。