CAFE: 加速アラインメントフリー配列解析

アラインメントフリーのゲノムおよびメタゲノムの比較は、次世代シーケンシング（NGS）技術の発展とともにますます重要になっています。最近開発された最先端のk-merベースのアラインメントフリーの非類似性測定法には、CVTree、d₂^*およびd₂Sが含まれますが、これらはk-merの頻度のみに基づく測定法よりも計算コストが高くなっています。ここでは、28のアラインメントフリー非類似性測定を効率的に計算するためのスタンドアロンソフトウェア、aCcelerated Alignment-FrEe sequence analysis（CAFE）を報告します。CAFEは、アセンブルされたゲノム配列と未アセンブルのNGSショットガンリードの両方を入力として受け入れ、出力を標準PHYLIP形式でラップします。下流解析では、CAFEはペアワイズ非類似性測定を視覚化するためにも使用でき、デンドログラム、ヒートマップ、主座標分析、ネットワーク表示を含みます。CAFEは、ゲノムとメタゲノムの関係を研究するための一般的なk-merベースのアラインメントフリー解析プラットフォームとして機能し、https://github.com/younglululu/CAFEで無料で入手できます。