高 virulent および多剤耐性 Klebsiella pneumoniae クローングループのゲノム定義

多剤耐性および高 virulent な Klebsiella pneumoniae 分離株が出現していますが、これらの高リスク株に相当するクローングループ (CG) は不正確に定義されてきました。我々は、全ゲノム配列の変異に基づいて K. pneumoniae CG を特定することを目的とし、ゲノムデータから virulence および resistance 遺伝子データを抽出するためのシンプルなバイオインフォマティクスツールを提供しました。主に K1 および K2 セロタイプの 48 の K. pneumoniae 分離株を配列決定し、119 の公開されているゲノムと比較しました。694 の高く保存された遺伝子がコアゲノム多重遺伝子解析に含まれ、データのクラスタ解析により、全世界に分布する高 virulent および多剤耐性 CG の正確な定義が可能になりました。さらに、K. pneumoniae のゲノム配列から医療的および疫学的に関連する情報を迅速に抽出できるように、自由にアクセス可能なデータベース BIGSdb-Kp を作成しました。薬剤耐性かつ virulent な K. pneumoniae 集団は大部分が重複していませんでしたが、結合された virulence および resistance 特徴を持つ分離株が検出されました。