配列の保存度が低いマーカー遺伝子は、近縁な原核生物株間でのゲノム全体の類似性レベルを予測するのに役立ちます

背景：16s rRNA遺伝子は、現時点で原核生物の系統分類と分離に最も広く使用されているマーカーです。この遺伝子は原核生物間で普遍的に保存されているため、幅広い原核生物を分類するのに使用できます。同時に、16s rRNA遺伝子はより細かい系統レベルで原核生物を分離するには保存されすぎていることがしばしば指摘されています。結果：本論文では、16s rRNAおよび73の追加の普遍的またはほぼ普遍的なマーカー遺伝子の類似性レベルが、ゲノム全体の遺伝子配列の類似性レベルとどの程度相関するかを調査します。我々は、16s rRNAの同一性のパーセンテージが遠縁の原核生物に対してゲノム全体の類似性レベルを非常によく予測することを示しますが、近縁のものに対してはそうではないことを示します。近縁の原核生物では、類似性レベルがゲノム全体の遺伝子配列の類似性レベルをより予測するマーカー遺伝子が他にも多く存在することが分かりました。最後に、近縁の原核生物系統内でゲノム全体の類似性レベルを予測するのに最も有用なマーカーの同一性は系統間で大きく異なることを示します。しかし、最も有用なマーカーは常に各系統内でその配列の保存度が最も低いものです。結論：我々の結果は、興味のある系統内で保存度が低いマーカーを選択することで、16s rRNA遺伝子を使用するよりも近縁な原核生物間のゲノム全体の遺伝子配列の類似性をより良く予測できることを示しています。異なる原核生物系統内で配列の保存度が最も低いマーカーを簡単に特定できるデータベース（POGO-DB）を作成したことを読者に指摘します.