プライマー、パイプライン、パラメータ：16S rRNA遺伝子シーケンシングにおける問題

16S rRNA遺伝子シーケンシングでは、不適切なプライマーの組み合わせ、古い参照データベース、または不十分なパイプライン設定を使用した場合、特定の細菌属が分類プロファイルで過少表現または欠落していることが判明しました。最後の部分については、質のしきい値やバイオインフォマティクスの設定（すなわち、クラスタリングアプローチ、分析パイプライン、および切断などの特定の調整）が研究間の観察された差異に責任を持っています。一つのデータセットを別のデータセット（例えば、出版物間）と比較して得られた結論は問題があるように思われ、マッチングV領域と均一なデータ処理を用いた独立したクロスバリデーションが必要です。したがって、我々は、対象サンプルのための十分に複雑なモックスタンダードと適切なV領域選択を含む、考慮された研究デザインの重要性を強調します。処理パイプラインとパラメータは事前にテストする必要があります。