CRISPRDetect: CRISPR配列を定義するための柔軟なアルゴリズム

背景: CRISPR（集塊化された定期的に間隔を置いた短い逆向きリピート）RNAは、原核生物における非コーディングRNAによって誘導される適応免疫防御システムの特異性を提供します。CRISPR配列は、特定のスぺーサー配列によって分離されたリピート配列で構成されます。以前、CRISPR配列は多くの原核生物のゲノムに同定されてきました。しかし、現在利用可能な検出アルゴリズムは、CRISPRローカスに関する最近発見された特徴を利用していません。結果: 私たちは、CRISPR配列を自動で検出、予測、インタラクティブに洗練する新しいアプローチを開発しました。これは、bioanalysis.otago.ac.nz/CRISPRDetectからウェブプログラムおよびコマンドラインで利用可能です。CRISPRDetectは、仮想的な配列を発見し、追加の変異リピートを検出することで配列を拡張し、配列の方向を修正し、リピート/スぺーサーの境界を洗練し、非常に類似したリピートにおけるさまざまなタイプの配列変異（例：挿入/欠失）を注釈します。これらの特徴により、CRISPRDetectは既存の同定ツールと比較して大きな利点があります。小型、中型、大型のリピートへのさらなるサポートに加えて、CRISPRDetectはバクテリアにおける「超大型」リピートを持つ配列のクラスも同定しました（リピート44-50 nt）。CRISPRDetectの出力は、他の分析ツールと統合されています。特に、予測されたスぺーサーは、CRISPRTargetによってターゲットを予測するために直接利用できます。結論: CRISPRDetectは配列とスぺーサーのより正確な検出を可能にし、そのgff出力はゲノム注釈パイプラインおよび可視化に適しています。これは、すべての完全な細菌および古細菌の参照ゲノムを分析するために使用されました。