線虫多様性のメタゲノム分析の方法としての高スループットシーケンシングの評価

線虫は生態系プロセスにおいて重要な役割を果たしますが、線虫種の多様性が生態学にどのように関連しているかは不明です。標準的な技術を用いて全ての個体を種レベルで同定することは困難で時間がかかるため、線虫群集は種レベルまで解決されておらず、生態解析が曖昧なままです。私たちは、メタゲノムサンプルからの線虫多様性解析に対する大量平行シーケンシングの適性を評価しました。私たちは、既知の頻度で41種類の多様な参照線虫を含む4つの人工メタゲノムサンプルを設定しました。2つのサンプルは、単一の線虫種から増幅したポリメラーゼ連鎖反応の産物をプールしたものでした。さらに2つのメタゲノムサンプルは、プールした線虫種から抽出したDNAの増幅産物で構成されていました。増幅した産物は、rRNAの小サブユニットと大サブユニットをコードする約400塩基対の2つの急速に進化するセクションを含んでいました。合計リード数は、メタゲノムサンプルごとに4159から14771の範囲でした。そのうち、82%は199塩基対より長かったです。199塩基対を超えるリードの中で、86%は参照配列から3ヌクレオチド未満の違いで一致しました。rDNAセクションのいずれも全ての線虫種を回収しませんでしたが、両方のローカスの使用は線虫種の検出レベルを90%から97%に向上させました。全体として、結果は線虫の同定に対する大量平行シーケンシングの適性をサポートしています。対照的に、個々の種を表すリードの頻度はメタゲノムサンプル内の個体数と相関しなかったため、線虫群集内の種の相対的豊富さを推測するためにはさらなる方法論的作業が必要であることを示唆しています。