QoRTs: RNA-Seq実験の品質管理とデータ処理のための包括的ツールセット

背景：次世代RNAシーケンシングは、トランスクリプト発現および調節の変動を検出するための実行可能で強力な方法として成熟しました。予期しないバイアス、アーチファクト、またはエラーは、誤った関連を引き起こし、欠陥のある結果につながる可能性があるため、プロアクティブな品質管理が重要です。結果：私たちは、品質のRNA-Seqツールセット（QoRTs）を開発しました。これは、高スループットRNAシーケンシングデータの品質管理とデータ処理を支援する包括的で多機能なツールセットです。結論：QoRTsは、比類のない多様な品質管理メトリックを生成し、バッチ、生物学的サンプル、または実験条件によって対照化されたレプリケートのクロス比較を提供できるため、誤った関連を引き起こす可能性のある外れ値および/または体系的問題を明らかにします。さらに、QoRTsは、他の多くのデータ処理ツールの機能を同時に置き換え、高速かつ効率的に品質管理メトリック、カバレッジカウント（遺伝子、エクソン、既知/新規スプライスジャンクション用）およびブラウザトラックを生成できます。これらの機能は、単一の統一されたデータ処理/品質管理実行の一部として実行できるため、分析パイプラインの複雑さと総実行時間を大幅に削減します。ソフトウェア、ソースコード、およびドキュメントは、http://hartleys.github.io/QoRTsでオンラインで入手できます。