11の臓器と4つの発達段階にわたるラットRNA-Seqトランスクリプトミクスボディマップ

ラットは、化学毒性の評価や薬物メカニズムの理解のためのモデルとして広く使用されてきました。しかし、複数の臓器や発達段階にわたるトランスクリプトームはまだ報告されていません。ここでは、SEQCコンソーシアムの努力の一環として、若年期、青年期、成人期、高齢期のFischer 344ラットの両性の11の臓器から320のサンプルでRNA-Seqを実施し作成した包括的なラットトランスクリプトミクスボディマップを示します。我々は、40,064の遺伝子、65,167のトランスクリプト、31,909の選択的スプライス変異体およびAceViewに注釈された2,367のノンコーディング遺伝子/ノンコーディングRNA（ncRNA）の発現プロファイルをカタログ化します。臓器に豊富に存在する差次的発現遺伝子は、知られている臓器特異的な生物学的活動を反映していることがわかります。多くのトランスクリプトは、臓器特異的、年齢依存または性別特異的な差次的発現パターンを示します。我々は、ラットモデルを使用した生物医学研究のための主要なリソースとなることを期待して、他の一般的に使用されるデータベースへのクロスリンクを備えた発現プロファイルのウェブベースのオープンアクセスラットボディマップデータベースを作成します。