タンパク質の配列-機能進化データの応用：mRNA/タンパク質発現解析およびコーディングSNPスコアリングツール

現在利用可能な膨大なタンパク質配列データと、タンパク質機能に関する実験的知識の蓄積により、タンパク質の配列と機能の進化のモデリングが可能となります。PANTHERデータベースは、大規模な進化的配列-機能関係をモデリングするために設計されました。これらのデータにはいくつかの応用があり、私たちはそのうちの3つに対応するウェブサービスを実装しました。最初はタンパク質分類サービスです。タンパク質はそのアミノ酸配列のみを使用して、ファミリーおよびサブファミリーのレベルで進化的グループに分類できます。特定のサブファミリー、しばしばファミリーは、可能な場合に分子機能や参与する生物学的プロセスおよび経路に基づいてさらに分類されます。次の応用は、発現データ分析サービスであり、機能的分類情報がゲノム全体の実験から得られたデータにおける生物学的パターンを見つけるのに役立ちます。3つ目の応用は、コーディング一塩基多型スコアリングサービスです。この場合、進化的に関連するタンパク質に関する情報を使用して、特定のアミノ酸位置の単一置換からタンパク質機能に有害な影響が生じる可能性を評価します。これら3つのウェブサービスは、http://www.pantherdb.org/tools で利用可能です。