タンパク質複合体からサブユニットバックボーンフラグメントへ：ネイティブ質量分析に対する多段階アプローチ

ネイティブ質量分析（MS）は、構造プロテオミクスとシステム生物学研究の重要な不可欠な部分となりつつある。このアプローチは、一次から四次までのタンパク質構造の高次レベルを明らかにするための大きな可能性を秘めている。これは、MSベースのアプローチの基礎となるタンデムMSを最も効率的に利用する必要がある。本研究では、ネイティブタンパク質複合体から構成フラグメントイオンのセットまで、二段階の断片化アプローチ、または（擬似）MS(3)を進化させる。効率的な脱水和アプローチと拡張質量対電荷（m/z）範囲における四重極選択を使用して、ホスホリラーゼB（194 kDa）、ピルビン酸キナーゼ（232 kDa）、およびGroEL（801 kDa）などの大規模タンパク質複合体の逐次的解離を達成し、その結果、高荷電のモノマーが得られ、それがさらに多重荷電断片化生成物のセットに解離した。フラグメントイオン信号は、高解像度、高質量精度のOrbitrap装置で取得され、前駆体モノマーサブユニットの高い信頼性の同定が可能になった。このアプローチは、内因性のネイティブタンパク質複合体のストイキオメトリと組成の特性評価を未曾有の詳細レベルで実現することが期待されている。