ダングリングエンドを持つDNA配列の熱力学的パラメータ

ワトソン・クリックペア上の32種類の単一ヌクレオチドダングリングエンドの二重鎖形成への熱力学的寄与が報告されている。ほとんどの場合、ダングリングエンドは安定化しており、自由エネルギーの寄与は+0.48 (GT(A))から-0.96 kcal/molまでの範囲である。これに対して、ワトソン・クリックの最近接隣接増分は-0.58 (TA/AT)から-2.24 (GC/CG) kcal/molである。したがって、場合によっては、ダングリングエンドはワトソン・クリックのA-T塩基対と同じだけ二重鎖の安定性に寄与する。これらの結果がDNAプローブ設計に与える影響について議論されている。ダングリングエンドの安定性の配列依存性の分析は、閉じる塩基対の性質が安定化を大きく決定することを示している。ただし、特定の閉じる塩基対に対して、アデニンのダングリングエンドは常に他のダングリングヌクレオチドと同じかそれ以上に安定である。さらに、5'ダングリングエンドはその3'対に対して同じかそれ以上の安定化を示す。DNAとRNAのダングリングエンドモチーフの比較は、5'ダングリングエンドを持つDNAモチーフがRNAの対応物と同じかそれ以上に安定性に寄与することを示している。一方、RNAの3'ダングリングエンドはDNAの対応物と同じかそれ以上に安定性に寄与する。このデータセットは、DNA二次構造予測アルゴリズム（DNA MFOLD）（http://mfold2.wustl.edu/mfold/dna/form1.cgi）およびDNAハイブリダイゼーション予測アルゴリズム（HYTHER商標）（http://jsl1.chem.wayne.edu/Hyther/hythermenu.html）に組み込まれている。