エリートコーン系統におけるSNP頻度、ハプロタイプ構造および連鎖不均衡

背景: 先祖トウモロコシ集団の最近の研究は、連鎖不均衡が急速に解消される傾向があることを示しています。時には100 bp以内で。この研究では、繁殖者による集団ボトルネックと強い選択の対象となっているエリートコーン自殖系統における連鎖不均衡と多様性を調べることにしました。そのような集団イベントは連鎖不均衡の量を増加させると予想されている一方で、多様性は減少します。この研究の結果は、遺伝的連関研究の設計に役立つでしょう。結果: 米国のエリートトウモロコシ育種プールのほとんどの遺伝的多様性を代表する36のトウモロコシ自殖系統において、18のトウモロコシ遺伝子におけるDNA多型の頻度と分布を調査しました。塩基変化の頻度は高く、非翻訳領域で平均して31 bpあたり1つの多型、翻訳領域で124 bpあたり1つの多型です。挿入と欠失は、非翻訳領域で頻繁に発生します（85 bpあたり1つ）が、翻訳領域では稀です。全ての検討した座位で、少数（2〜8）の異なる高度に多様なハプロタイプが区別できます。遺伝子内では、ハプロタイプを構成するSNP座位が互いに連鎖不均衡にあります。結論: エリートコーン遺伝資源の範囲内で数百塩基対の連鎖不均衡の低下は見られませんでした。この発見と、中立的期待に対して少数のハプロタイプは、エリート遺伝資源プールにおける繁殖によるボトルネックおよび選択の影響と一致しています。ハプロタイプ間の遺伝的距離は大きく、古代の遺伝子プールおよびトウモロコシの系統における異種間交配の可能性を示唆しています。