MLTreeMap - 環境DNA配列を分類群および機能参照系統樹に正確に最大尤度で配置する

要約 背景 環境DNAのショットガンシーケンシングは、未培養微生物を現場で特定するための重要な技術です。しかし、得られた配列断片の分類学的および機能的割り当ては依然として緊急の問題です。結果 既存のアルゴリズムは主に速度とカバレッジの最適化を図っています。これに対し、私たちはここで、最良の精度でこれらを割り当てるために最大尤度を使用し、情報量が制限された遺伝子ファミリーのセットに焦点を当てたソフトウェアフレームワークを提案します。このフレームワーク（『MLTreeMap』; http://mltreemap.org/ ）は、生のヌクレオチド配列を入力として使用し、手作業でキュレーションされた拡張可能な参照情報を含みます。結論 私たちは、完全なゲノムやシミュレートされた実際の環境配列を使用して、パイプラインの検証方法について議論します。