GEL、DNA配列決定プロジェクト管理システム

私たちはDNA配列決定プロジェクトの管理のための自動化システムを開発しました。このシステムはGELという名前で、無作為な配列と相対位置が知られている断片からのデータを処理できます。このシステムは非常にインタラクティブで、自己文書化され、柔軟性があります。コンピュータに不慣れな分子生物学者が使用できるように設計されています。特に配列用に設計されたエディターにより、データの簡単な入力が可能です。特別な機能により、同じゲルのペア読み取りの直接確認と即時編集が可能です。新しい無作為な断片配列をプロジェクト全体に統合するのは半自動化されています。ユーザーには重複がある場合はそれを表示し、配列またはコンセンサスのいずれかを編集できます。マージプロセスで行われる検索の種類を制限するためのヒューリスティックなアプローチにより、配列決定プロジェクトが大規模になるにつれて組合せデータの過負荷の問題が軽減されます。すべてのエントリーの完全な履歴、編集の変更、およびコンセンサス配列の生成が自動的に準備されます。