dChipSNP：SNPアレイベースのヘテロ接合性喪失データの重要性曲線とクラスタリング

動機：オリゴヌクレオチドマイクロアレイは、数千の一塩基多型（SNP）の遺伝子型決定を並行して行うことができます。最近、この技術はペアの正常および腫瘍サンプルのヘテロ接合性喪失（LOH）分析に適用されました。しかし、このようなデータを分析するための方法やソフトウェアは十分に開発されていません。結果：ここでは、LOHコールを行うためにSNPアレイの複製をプールする自動化された方法、遺伝子や細胞帯の文脈で染色体に沿ってSNPおよびLOHデータを可視化する方法、共有LOH領域を特定するための統計的推論、LOHプロファイルに基づいてサンプルをクラスタリングし、クラスタリング結果を臨床変数に関連付ける方法を報告します。これらの方法を前立腺がんおよび乳がんのデータセットに適用すると、生物学的に重要な結果が得られます。利用可能性：これらの方法を実装したソフトウェアモジュールdChipSNPは、http://biosun1.harvard.edu/complab/dchip/snp/で利用可能です。補足情報：乳がんデータはAndrea L. Richardson、Zhigang C. Wang、James D. Iglehartによって提供されました。