ChlamDB：Chlamydiae門およびPlanctomycetes-Verrucomicrobiae-Chlamydiae超門の他の構成メンバーの比較ゲノミクスデータベース

ChlamDBは、Chlamydiae門全体およびPlanctomycetes-Verrucomicrobiae-Chlamydiae（PVC）超門に属するその近縁種を網羅する277のゲノムを含む比較ゲノミクスデータベースです。COG、KEGG ortholog、KEGG pathway、KEGG module、Pfam、InterProなど、最も広く使用されているデータベースのアクセッション番号を用いて、ゲノムの比較、解析、取得が可能です。UniProt（キュレーション済みおよび自動タンパク質アノテーション）、KEGG（パスウェイのアノテーション）、COG（オーソロジー）、TCDB（トランスポーター）、STRING（タンパク質間相互作用）、InterPro（ドメインおよびシグネチャ）を含む複数のデータベースからの遺伝子アノテーションには、包括的な概要ページからアクセスできます。III型分泌システム（T3SS）の候補エフェクターは、4つのin silico手法を用いて同定されました。すべてのPVCゲノム間でのオーソログの同定により、ユーザーは大規模な比較解析を実施し、データベースに統合されたすべてのゲノムにおける任意のタンパク質のオーソログを同定することができます。PVCタンパク質とRefSeqにおけるそれらの最近縁ホモログの系統関係、膜貫通ドメインおよびPfamドメインの比較、遺伝子近傍の保存性、分類学的プロファイルは、動的に生成されるグラフを用いて視覚化でき、ダウンロードも可能です。クラミジア、クラミジア関連細菌、ウェルコミクロビウム、プランクトミケスを研究する研究者向けの中核的リソースとして、ChlamDBは包括的なアノテーションへのアクセスを促進し、比較ゲノム解析のための複数のツールを統合しており、https://chlamdb.ch/ で自由に利用可能です。データベースURL: https://chlamdb.ch/。