サルモネラエンテリティディスの監視のための迅速全ゲノムシーケンシング

サルモネラエンテリカ血清型エンテリティディスにおいて、85%の分離株は5つのパルスフィールドゲル電気泳動（PFGE）型に分類できます。しかし、PFGEはアウトブレイク検出に対する識別力が限られています。全ゲノムシーケンシングがアウトブレイククラスターの識別を改善することが分かっていますが、この手法が公衆衛生研究所でリアルタイムに使用できるかは不明です。したがって、我々は回顧的および前向きな分析を行いました。回顧的研究では、1件の確認されたアウトブレイクからの分離株を調査しました。全ゲノムデータに基づいて追加の症例がアウトブレイク株に帰属できることが示されました。前向き研究には、2012年に得られた58の分離株が含まれており、1件の疫学的に定義されたアウトブレイクからの分離株も含まれています。全ゲノムシーケンシングにより、アウトブレイクに起因する追加の分離株が特定されましたが、アウトブレイク関連のPFGE型とは異なっていました。回顧的および前向き分析で追加の推定アウトブレイククラスターが検出されました。本研究は、州の公衆衛生研究所におけるアウトブレイク監視のためのこのアプローチを実施する実用性を示しています。