関連するタンパク質構造と配列を統合したデータバンク

タンパク質の構造情報と配列情報を統合したデータコレクションについて説明します。類似の主鎖フォールドを持つタンパク質間での構造的重ね合わせが行われるか、文献から収集されました。タンパク質の一次構造データベースから取得された配列は、少なくとも構造配列の一つに対して残基同一性が50％以上同系であり、構造配列残基の少なくとも50％が整列可能である場合に、複数の構造的アライメントに関連付けられました。このような制限により、一次配列が三次構造テンプレートのコンフォメーションを共有しているという合理的な信頼が得られますが、保守されにくいループ領域は除きます。38の系統群について209の三次構造を含む複数の構造的重ね合わせが収集され、45の構造は重ね合わせることができる対がなく、個別に使用されました。他にも主鎖および側鎖の立体角、二次構造の割り当てなどの情報が提供されています。一次構造と三次構造のデータを統合することで、既知の三次元構造に関連するデータバンクの配列エントリーが8倍に増加しました。