移植特有の研究に合わせて設計された全ゲノム関連遺伝子型配列の概念とデザイン

背景：HLA遺伝的不適合に加えて、移植の提供者と受給者の間にある非HLAの違いが排斥反応を引き起こすことが明らかになってきています。私たちは、移植関連研究におけるゲノム研究を促進するためのユニークな全ゲノムプラットフォームの作成を目指しました。最新のヒトゲノム参照データセットに基づいて、移植に関連する既知および潜在的に関連する代謝および薬理学的ローカスのカスタマイズを含めた全ゲノム遺伝子型ツールを設計しました。方法：ここでは、HLA、KIR、薬理ゲノムおよび移植において重要な代謝ローカスにわたる変異の深層キャプチャのために調整された内容を持つ約782,000のマーカーで構成されるカスタマイズされた全ゲノム遺伝子型配列「TxArray」の設計と実施について説明します。一致性と遺伝子型の質をテストするために、8つのトリオを含む85のHapMapサンプルをアレイで遺伝子型解析しました。結果：HapMapサンプルに対して低いメンデル誤差率と高い一致率を示します（親-親-子の平均遺伝率は0.997、そして一致率は0.996）。自動体領域にわたり遺伝子型のインプテーションを行い、直接遺伝子型を変換されたSNPをマスキングしてインプテーションの精度を評価し、直接遺伝子型SNPの精度は>0.962であると報告します。比較可能なプラットフォームに対して、自然免疫細胞の免疫グロブリン様受容体（KIR）領域のキャプチャがはるかに高いことを示します。全体として、TxArrayの遺伝子型の質とカバレッジが、参照サンプルおよび他の全ゲノム遺伝子型プラットフォームと比較して非常に高いことを示しています。結論：私たちは、正確な関連性テストと未遺伝子型SNPのインプテーションを可能にする包括的な全ゲノム遺伝子型ツールを設計しました。これにより、移植関連研究の大規模でコスト効果の高い遺伝子型解析が促進されます。