MERFISH空間トランスクリプトミクスとバルクおよび単一細胞RNAシーケンシングの一致

空間トランスクリプトミクスは、細胞タイプの同定と分析のための空間的文脈を提供することにより、単一細胞RNAシーケンシング（scRNA-seq）を拡張します。多重エラー耐性蛍光in situハイブリダイゼーション（MERFISH）などのイメージングベースの空間技術は、単一細胞の解像度を達成し、単一細胞の同定を空間的位置に直接マッピングできます。MERFISHはscRNA-seqとは異なるデータタイプを生成し、これらの2つの手法を最適に統合する方法を確認するために、技術的な比較が必要です。私たちはマウスの肝臓と腎臓でMERFISHを実施し、得られたバルクおよび単一細胞RNA統計をTabula Muris Senis細胞アトラスおよび2つのVisiumデータセットの結果と比較しました。MERFISHは、全体的なドロップアウト率と感度の改善と共に、バルクRNA-seqおよびscRNA-seqの結果を定量的に再現しました。最後に、MERFISHは肝臓と腎臓の両方で独立して異なる細胞タイプと空間構造を解決しました。Tabula Muris Senisアトラスとの計算統合は、これらの結果を向上させませんでした。私たちは、MERFISHが単一細胞の遺伝子発現に対して定量的に比較可能な方法を提供し、scRNA-seqアトラスとの計算統合を必要とせずに細胞タイプを同定できることを結論付けました。