スーパーセカンダリー構造断片からの新しいタンパク質折り畳みの組立

14のCASP5ターゲットドメインの予測にフラグメントベースのタンパク質三次構造予測法を適用した結果が記述されています。この方法は、高解像度のタンパク質構造から得られたスーパーセカンダリー構造断片の組立を、シミュレーションアニーリングアルゴリズムを用いて行います。新しい折り畳みを持つタンパク質に対しては良好な予測がいくつか生成されましたが、常に最初のモデルであったわけではありません。2つの折り畳み認識ターゲットにおいて、FRAGFOLDはどちらのケースでも最も正確なモデルを生成しましたが、予測はテンプレート構造に基づいていませんでした。CASP4以来FRAGFOLDの改善は明確な進展を示していますが、最終モデルのランキングは次のCASP実験の前に解決すべき主な問題のようです。